De tout temps le port de Pomègues a été un des abris privilégiés des navires. L'histoire du commerce maritime Marseillais a laissé en ce lieu l'empreinte de sa prospérité.
D'abord refuge naturel jusqu'au milieu du XVI siècle, il devint ensuite pendant deux siècles, zone de quarantaine des bâtiments en provenance du Levant, de Barbarie et des îles d'Amérique. De nos jours, lieu de mouillage des bateaux de plaisance, le port de Pornègues est un important site archéologique sous-marin.